Estimated prevalence of COVID-19 in Brazil with probabilistic bias correction / Prevalência estimada de COVID-19 no Brasil com correção probabilística de vieses / Prevalencia estimada de COVID-19 en Brasil con corrección probabilística de sesgo

Abstract: Using data collected by the Brazilian National Household Sample Survey - COVID-19 (PNAD-COVID19) and semi-Bayesian modelling developed by Wu et al., we have estimated the effect of underreporting of COVID-19 cases in Brazil as of December 2020. The total number of infected individuals is about 3 to 8 times the number of cases reported, depending on the state. Confirmed cases are at 3.1% of the total population and our estimate of total cases is at almost 15% of the approximately 212 million Brazilians as of 2020. The method we adopted from Wu et al., with slight modifications in prior specifications, applies bias corrections to account for incomplete testing and imperfect test accuracy. Our estimates, which are comparable to results obtained by Wu et al. for the United States, indicate that projections from compartmental models (such as SEIR models) tend to overestimate the number of infections and that there is considerable regional heterogeneity (results are presented by state).

Resumo: Estimamos o efeito da subnotificação de casos de COVID-19 no Brasil até dezembro de 2020, com base nos dados coletados pela Pesquisa Nacional de Amostra de Domicílios sobre COVID-19 (PNAD-COVID19) e a modelagem semi-bayesiana desenvolvida por Wu et al. O número total de indivíduos infectados é cerca de 3 a 8 vezes o número de casos notificados, a depender do estado do país. No final de 2020, os casos confirmados representavam 3,1% da população total, enquanto nossa estimativa aponta para quase 15% dos cerca de 212 milhões de brasileiros no mesmo período. O método de Wu et al., que adotamos com pequenas modificações nas especificações, aplica correções de vieses para compensar pela testagem incompleta e pela acurácia imperfeita dos testes. Nossas estimativas, que são comparáveis aos resultados obtidos por Wu et al. para os Estados Unidos, indicam que projeções a partir de modelos compartimentais (tais como modelos SEIR) tendem a superestimar o número de infecções, e que há uma heterogeneidade regional considerável (resultados apresentados por estado).

Resumen: Usando los datos recogidos por la Encuesta Nacional por Muestra de Domicilios - COVID-19 (PNAD-COVID19) y un modelado semibayesiano desarrollado por Wu et al., hemos estimado el efecto del subregistro de casos de COVID-19 en Brasil en diciembre de 2020. El número total de individuos infectados es de entre 3 a 8 veces más el número de casos informados, dependiendo del estado. Los casos confirmados son un 3,1% del total de población y nuestra estimación del total de casos es al menos un 15% de aproximadamente 212 millones de brasileños en 2020. El método que se tomó fue el de Wu et al., con leves modificaciones en las especificaciones previas, es aplicable a las correcciones de sesgo para tener en cuenta los test incompletos y la imprecisión de los tests. Nuestras estimaciones, que son comparables a los resultados obtenidos por Wu et al. para los Estados Unidos, indican las proyecciones de los modelos compartimentales (tales como los modelos SEIR), que tienden a sobreestimar el número de infecciones, así como la considerable heterogeneidad regional (los resultados se presentan por estado).

Colonización nasofaríngea por serotipos de Streptococcus pneumoniae en niños uruguayos antes y después de la introducción de las vacunas antineumocóccicas conjugadas / Nasopharyngeal colonization from Streptococcus pneumoniae serotypes in Uruguayan children before and after pneumococcal conjugate vaccines / Colonização nasofaríngea por sorotipos de Streptococcus pneumoniae em crianças uruguaias antes e após da introdução de vacinas pneumocócicas conjugadas

Resumen: Las vacunas conjugadas neumocóccicas (VCN) son efectivas para el control de las infecciones severas en niños y también limitan la colonización nasofaríngea por los serotipos que integran sus fórmulas. En Uruguay, no se dispone de publicaciones recientes sobre los serotipos albergados en el reservorio nasofaríngeo de los niños, ni antes ni luego de la introducción de las VCN. Con el objetivo de caracterizar la colonización nasofaríngea de niños menores de 2 años y describir los serotipos de S. pneumoniae identificados antes y después de la introducción de las vacunas conjugadas antineumocóccicas en el certificado esquema de vacunación (CEV) de Uruguay, se llevó a cabo un estudio descriptivo, retrospectivo, incluyendo tres períodos de tiempo: años 2002- 2003 y 2014-2015 en Paysandú, y 2012-2013 en Montevideo. Los aislamientos de S. pneumoniae se realizaron en laboratorios locales y la serotipificación por "quellung" se efectuó en el Departamento de Laboratorios de Salud Pública. Se procesaron 831 muestras, con 54,8% de recuperación de neumococos (n=456), de los cuales 223 fueron tipificados. El estudio previo a la vacunación mostró portación de serotipos invasores, con predominio de los serotipos 6A, 6B, 14 y 19F, todos incluidos en la vacuna 13-valente. En los niños de la policlínica de HIV, la colonización por neumococos invasores fue mucho menor, y el otro estudio, también posvacunación, evidenció la casi desaparición de cepas invasoras (6/93), con predominio de serotipos poco habituales, lo que constituyó un llamado de atención para instrumentar una vigilancia que monitorice la dinámica de la colonización infantil.

Summary: Pneumococcal conjugate vaccines (PCV) are effective against children's severe infections and they also constrain nasopharyngeal colonization due to the serotypes in their formulas. There are no recent publications in Uruguay regarding serotypes hosted in the children's nasopharyngeal reservoir, either from before or after the introduction of the PCV. With the purpose of characterizing nasopharyngeal colonization of children under 2 years of age and describing the S. pneumoniae serotypes before and after the pneumococcal conjugate vaccines in the Uruguayan National Vaccination Report, we carried out a descriptive retrospective study including three periods: 2002- 2003 and 2014-2015 in Paysandú, and 2012-2013 in Montevideo. S. pneumoniae was isolated in local laboratories and the "quellung" serotypification was carried out in the Laboratories of the Public Health Department. We processed 831 samples and recovered 54.8% pneumococci (n=456), of which 223 were typified. Prior to the vaccination, the study showed invasive serotype carriage, mainly of the 6A, 6B, 14 and 19F serotypes, all included in the 13-valent vaccine. At the HIV clinic, colonization from invasive pneumococci was much lower and the post vaccination study showed the almost complete disappearance of the invasive strains (6/93), mainly of the less common serotypes, which called the attention towards the increase of vigilance towards the monitoring of children colonization dynamics.

Resumo: As Vacinas Pneumocócicas Conjugadas (VPC) são eficazes contra infecções graves em crianças e também restringem a colonização nasofaríngea, devido aos sorotipos utilizados em suas fórmulas. Não há publicações recentes no Uruguai relativas aos sorotipos que incluem reservatório nasofaringeos nas crianças, nem de antes ou depois das vacinas VPN. Com o objetivo de caracterizar a colonização nasofaríngea de crianças menores de 2 anos de idade e descrevendo os sorotipos S. pneumoniae antes e depois das vacinas antipneumocócicas conjugadas no Relatório Nacional de Vacinação do Uruguai, realizou-se um estudo retrospectivo descritivo, incluindo três períodos: 2002- 2003 e 2014-2015 em Paysandú e 2012-2013 em Montevideo. S. pneumoniae foi isolada em laboratórios locais e a soro tipificação "quellung" foi realizada nos Laboratórios do Departamento de Saúde Pública. Foram processadas 831 amostras e recuperado 54,8% de pneumococo (n = 456), dos quais 223 foram tipificados. Antes da vacinação, o estudo mostrou transporte de sorotipos invasores, principalmente dos sorotipos 6A, 6B, 14, 19F, todos incluídos na vacina 13-valente. Na clínica de HIV, a colonização invasiva de pneumococos foi muito menor, e o estudo pós-vacinação mostrou o desaparecimento quase total das cepas invasivas (6/93), principalmente dos sorotipos menos comuns, o que sugere a necessidade de aumentar a vigilância no monitoramento da dinâmica de colonização de crianças.

Uso de modelos de análise de decisão nos programas de vacinação contra a varicela / Use of decision analysis models in the programs of vaccination against varicella

INTRODUÇÃO: A escolha entre diferentes modelos de análise de decisão introduz variabilidade nos resultados das avaliações econômicas. Modelos estáticos não captam os efeitos indiretos da vacinação comprometendo a avaliação geral dos benefícios da vacinação. Neste trabalho foram desenvolvidos um modelo dinâmico e um modelo estático para a análise de custo-efetividade (ACE) da vacina contra varicela e foram comparados os resultados obtidos com os dois modelos. MÉTODOS: Avaliação econômica completa do tipo ACE usando modelagem. As análises compararam duas estratégias: 1) introdução da vacinação infantil de rotina aos 12 meses de vida; versus 2) situação existente (vacinação após os surtos em creches e vacinação de imunodeprimidos). As análises foram conduzidas no horizonte temporal de 30 anos. RESULTADOS: O modelo dinâmico estimou que na ausência do programa de vacinação ocorreriam 2 915 294 casos de varicela por ano no Brasil, resultando em 879 095 casos ambulatoriais, 4 507 hospitalizações, 119 mortes e 4 casos de sequela. O custo total anual da varicela foi estimado em R$27 378 957 para a sociedade e em R$14 412 610 para o sistema de saúde. A razão de custo-efetividade incremental (RCEI) por ano de vida salvo foi R$14 749 na perspectiva da sociedade e R$16 582 na perspectiva do sistema de saúde. O modelo estático estimou que na ausência do programa de vacinação ocorreriam 1 656 547 casos de varicela por ano no Brasil, resultando em 629 488 casos ambulatoriais, 5 120 hospitalizações, 82 mortes e 1 caso de sequela. O custo total anual da varicela foi estimado em R$17 311 412 para a sociedade e em R$9 570 551 para o sistema de saúde. A RCEI por ano de vida salvo foi R$35 254 na perspectiva da sociedade e R$36 599 na perspectiva do sistema de saúde. Aplicando o limiar de custo efetividade da Organização Mundial de Saúde (OMS) aos resultados obtidos com o modelo dinâmico a vacinação foi considerada uma estratégia custo-efetiva o mesmo não aconteceu...

BACKGROUND: The choice between different decision analysis models introduces variability in the results of economic evaluations. Static models do not take into account the indirect effects of vaccination, thus compromising the overall assessment of vaccination benefits. This work developed two models one dynamic and another static to conduct cost-effectiveness analyses (CEA) of varicella vaccine, comparing the results of the two. METHODS: Comprehensive economic evaluation CEA using modeling. The analysis compared two strategies: 1) introduction of routine vaccination for children under 12 months, versus 2) current situation (vaccination after outbreaks in nurseries and vaccination of immunocompromised). The time horizon of the analysis was 30 years. RESULTS: The dynamic model estimated that in the absence of the vaccination program, 2 915 294 cases of varicella occurred every year in Brazil, resulting in 879,095 outpatient cases, 4,507 hospitalizations, 119 deaths and 4 sequela cases. The total annual cost of varicella was estimated at R$ 27,378,957 for the society and at R$ 14,412,610 for the health care system. From the perspective of society, the incremental cost-effectiveness ratio (ICER) was R$ 14,749 per life-year saved, while from the perspective of the health care system, it amounted to R$ 16,582. The model estimated that, in the absence of a vaccination program, there would be 1,656,547 cases of varicella every year in Brazil, resulting in 629,488 outpatient cases, 5,120 hospitalizations, 82 deaths and 1 case of sequela. The total annual cost of varicella was estimated at R$ 17,311,412 for the society, and at R$ 9,570,551 for the health care system. The ICER was R$ 35,254 and R$ 36,599 from the perspective of society and the health care system, respectively. When applying the World Health Organization (WHO)'s cost-effectiveness threshold to the dynamic model results, vaccination was considered a cost-effective strategy; this was nevertheless...